About this Course
4.9
17 ratings
1 reviews
100% online

100% online

Start instantly and learn at your own schedule.
Flexible deadlines

Flexible deadlines

Reset deadlines in accordance to your schedule.
Beginner Level

Beginner Level

Hours to complete

Approx. 12 hours to complete

Suggested: 6 недель, 3-8 часов в неделю...
Available languages

Russian

Subtitles: Russian
100% online

100% online

Start instantly and learn at your own schedule.
Flexible deadlines

Flexible deadlines

Reset deadlines in accordance to your schedule.
Beginner Level

Beginner Level

Hours to complete

Approx. 12 hours to complete

Suggested: 6 недель, 3-8 часов в неделю...
Available languages

Russian

Subtitles: Russian

Syllabus - What you will learn from this course

Week
1
Hours to complete
1 hour to complete

Week 1 - Introduction (Введение)

The first week of our course will be dedicated to an overview of metagenomics. You will learn what metagenomics studies are and why this field of study has gained popularity in the current times. You will get acquainted with the basic approaches of metagenomic bioinformatics and with the specificity of the metagenomic analytical approaches used for the analysis of natural microbial communities. Первая неделя нашего курса знакомит с метагеномикой. Вы узнаете что изучает метагеномика и почему она возникла в наши дни. Вы познакомитесь с основными подходами метагеномной биоинформатики и особенностями аналитических подходов, применяемых для анализа природных микробных сообществ. ...
Reading
6 videos (Total 33 min)
Video6 videos
«Microbes run the World» (Микробы правят миром)3m
«Applications of Bioinformatics» (Биоинформатические приложения)8m
«Analytical Approaches» (Аналитические подходы)3m
«Metagenomic Project» (Метагеномный проект)8m
«Assembly of Metagenomes» (Сборка метагеномов)6m
Week
2
Hours to complete
1 hour to complete

Week 2 - Experimental Data (Экспериментальные данные)

Welcome to the second week of our course! This week is dedicated to experimental metagenomic data. We start with metagenomic DNA (mDNA) isolation and go on to sequencing and analysis to understand what is so special about this type of data. <br> Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя посвящена экспериментальным метагеномным данным. Мы пройдем от выделения метагеномной ДНК (мДНК) к ее секвенированию и анализу и поймем чем вызваны особенности этих данных и способов их получения. ...
Reading
7 videos (Total 46 min), 1 quiz
Video7 videos
Metagenomic Approaches (Метагеномные подходы)5m
Sequencing Approaches (Подходы к секвенированию)7m
Analytical Pipelines (Аналитические подходы)5m
Target Sequencing (Таргетное секвенирование)6m
Sequencing Platforms (Сиквенсные платформы)8m
Bioinformatics Algorithms: Genome as a String (Биоинформатические алгоритмы: геном как строка)7m
Quiz1 practice exercise
Тест 1.20m
Week
3
Hours to complete
1 hour to complete

Week 3 - Analytical Approaches: 16s analysis (Аналитические подходы: анализ 16S)

This week we are going to explain how the analysis of the 16S rRNA gene sequences helps evaluate microbial diversity in metagenomic communities. You will learn about the databases that store already existing 16S sequences, and will be introduced to the analytical program QIIME, which will help you when you transition to working on metagenomic projects using real data. На этой неделе мы познакомим вас с тем, как анализ последовательностей генов 16S рРНК позволяет оценить микробное разнообразие метагеномных проб. Расскажем о базах данных, которые хранят накопленную уже информацию о 16S сиквенсах и представим аналитическую программу QIIME, которая будет вам весьма полезна в вашей работе с реальными данными метагеномных проектов. ...
Reading
4 videos (Total 41 min), 1 quiz
Video4 videos
16S (16S рРНК)6m
16S Databases (Базы данных 16S)6m
Data Analysis in QIIME (Aнализ данных с помощью QIIME)18m
Quiz1 practice exercise
Тест 220m
Week
4
Hours to complete
1 hour to complete

Week 4 - Analytical Approaches: Binning (Аналитические подходы: биннинг)

Welcome to the fourth week of the course. It will be devoted to binning. Don’t know what that is? Then you will be even more interested to discover what the basis of this analytical approach is and how it helps simplify the analysis of very complex metagenomic data. Stay with us! Добро пожаловать на четвертую неделю курса. Она будет посвящена биннингу. Вы не знаете что это такое? Тогда вам тем более будет интересно узнать на чем основан этот аналитический подход и как он помогает упростить задачу анализа очень сложных метагеномных данных. Оставайтесь с нами! ...
Reading
5 videos (Total 43 min), 1 quiz
Video5 videos
MyCC Binning Tool (Программа MyCC)8m
Binning Algorithms (Алгоритмы биннинга)10m
Supervised and Unsupervised Binning (Контролируемый и Неконтролируемый Биннинг)8m
Clustering (Кластеризация)7m
Quiz1 practice exercise
Тест 310m

Instructors

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

About Saint Petersburg State University

The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 30 000 students in SPbU studying 398 programmes...

Frequently Asked Questions

  • Once you enroll for a Certificate, you’ll have access to all videos, quizzes, and programming assignments (if applicable). Peer review assignments can only be submitted and reviewed once your session has begun. If you choose to explore the course without purchasing, you may not be able to access certain assignments.

  • When you purchase a Certificate you get access to all course materials, including graded assignments. Upon completing the course, your electronic Certificate will be added to your Accomplishments page - from there, you can print your Certificate or add it to your LinkedIn profile. If you only want to read and view the course content, you can audit the course for free.

More questions? Visit the Learner Help Center.