About this Course
4,228 recent views

100% online

Start instantly and learn at your own schedule.

Flexible deadlines

Reset deadlines in accordance to your schedule.

Beginner Level

Approx. 24 hours to complete

Russian

Subtitles: Russian

100% online

Start instantly and learn at your own schedule.

Flexible deadlines

Reset deadlines in accordance to your schedule.

Beginner Level

Approx. 24 hours to complete

Russian

Subtitles: Russian

Syllabus - What you will learn from this course

Week
1
1 hour to complete

Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)

Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from....
8 videos (Total 61 min), 1 quiz
8 videos
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3m
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6m
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6m
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13m
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7m
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13m
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3m
1 practice exercise
Тест 1 (Quiz 1)20m
Week
2
1 hour to complete

Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)

Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS....
4 videos (Total 41 min), 1 quiz
4 videos
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7m
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14m
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9m
1 practice exercise
Тест 2 (Quiz 2)20m
Week
3
1 hour to complete

Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)

На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system....
6 videos (Total 50 min), 1 quiz
6 videos
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4m
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10m
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9m
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8m
Введение в Linux (Introduction to Linux)13m
1 practice exercise
Тест 3 (Quiz 3)20m
Week
4
2 hours to complete

Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)

Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!...
7 videos (Total 72 min), 1 quiz
7 videos
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15m
Алгоритмы (Algorithms)6m
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9m
Overlap Layout Concensus9m
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8m
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10m
1 practice exercise
Тест 4 (Quiz 4)20m
Week
5
2 hours to complete

Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)

Пятая неделя нашего курса посвящена выравниванию коротких фрагментов на референс - подходу, который используется при работе с уже изученными геномами. В лекциях разбираются наиболее популярные программы для решения таких задач, а также основные алгоритмы для работы со строками. <br>Fifth week of our course is devoted to short read alignment to the reference genome, which is used when we work with the already studied organisms. In lectures we will talk about the most popular software for solving such problems, as well as basic algorithms for working with strings....
8 videos (Total 84 min), 1 quiz
8 videos
Построение индекса (Building index)10m
Выравнивание с помощью Bowtie (Bowtie Alignment)8m
Форматы SAM, BAM. Сортировка. (SAM, BAM Alignment Format. Sorting.)15m
Поиск вариантов (Variant Calling)13m
Строковые алгоритмы. Хэш-функция. (String Algorithms. Hash.)8m
Поиск подстроки с ошибками (String Searching with Errors)3m
Суффиксные деревья (Suffix Trees)13m
1 practice exercise
Тест 5 (Quiz 5)20m
Week
6
1 hour to complete

Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)

В завершающей неделе курса мы разберем методы поиска генов в собранных последовательностях и их аннотации.<br> In the final week of the course we will examine methods of gene finding and annotation in assembled sequences....
4 videos (Total 59 min), 1 quiz
4 videos
Скрытые марковские модели (Hidden Markov Models)11m
Аннотация генов в бактериальном геноме (Bacterial Genome Annotation)22m
Анализ вариантов (Variant Analysis)17m
1 practice exercise
Тест 6 (Quiz 6)20m
Week
7
1 hour to complete

Геномный проект (Genome Project)

В этом практическом задании вам предстоит собрать и проаннотировать бактериальный геном, проинтерпретировать результаты и найти причину ужасной эпидемии, охватившей Европу в 2011 году. <br>In this practice challenge you will have to assemble and annotate bacterial genome, interpret the results and find the cause of the terrible epidemic in Europe in 2011....
4 quizzes
4 practice exercises
Часть 1: исходные данные (Part 1: Raw Data)10m
Часть 2: сборка de novo (Part 2: De Novo Assembly)10m
Часть 3: выравнивание по референсу (Part 3: Alignment to Reference)10m
Часть 4: аннотация (Part 4: Annotation)8m

Instructors

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

About Saint Petersburg State University

Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России. В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности. Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ. St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University....

Frequently Asked Questions

  • Once you enroll for a Certificate, you’ll have access to all videos, quizzes, and programming assignments (if applicable). Peer review assignments can only be submitted and reviewed once your session has begun. If you choose to explore the course without purchasing, you may not be able to access certain assignments.

  • When you purchase a Certificate you get access to all course materials, including graded assignments. Upon completing the course, your electronic Certificate will be added to your Accomplishments page - from there, you can print your Certificate or add it to your LinkedIn profile. If you only want to read and view the course content, you can audit the course for free.

More questions? Visit the Learner Help Center.